纪委可以认定职务侵占行为中存在的违纪问题，但不能直接对职务侵占行为进行法律定性，这需要由司法机关进行。具体分析如下：
一. 纪委的职责与权限
- 纪委主要负责党的纪律检查工作，对党员进行遵守纪律的教育，作出关于维护党纪的决定。它有权检查和处理党的组织和党员违反党的章程和其他党内法规的比较重要或复杂的案件，决定或取消对这些案件中的党员的处分。
- 纪委在发现党员有违纪行为时，可以进行初步核实、立案审查，并根据审查结果作出相应的纪律处分决定。
二. 职务侵占行为的认定
- 职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。这是一种刑事犯罪行为，需要由司法机关进行法律定性。
- 纪委在调查过程中，如果发现党员存在职务侵占的嫌疑，可以将其移送司法机关依法处理。司法机关将依据相关法律规定，对职务侵占行为进行审查、起诉和审判。
三. 纪委与司法机关的协作
- 纪委在调查过程中，需要与司法机关保持密切协作，共同打击违纪违法行为。纪委可以将调查中发现的职务侵占线索及时移送司法机关，为司法机关的侦查、起诉和审判工作提供支持和协助。
- 司法机关在办理职务侵占案件时，也可以向纪委寻求协助，如调取相关证据材料、了解党员的违纪情况等。
综上所述，纪委在调查过程中可以发现并认定职务侵占行为中存在的违纪问题，并对相关党员进行纪律处分。但职务侵占行为的法律定性需要由司法机关进行，纪委不能直接对职务侵占行为进行法律定性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。