赌博网站代理利用他人身份设置下级账号，自己充值获得的返利不应扣除，但该行为涉及非法活动，所有相关资金都应被收缴。

一. 赌博及代理行为非法

1. 赌博违法：根据《中华人民共和国刑法》第三百零三条，赌博行为是违法的，无论是参与赌博还是为赌博提供条件，都可能面临刑事处罚。
2. 代理赌博网站同样违法：作为赌博网站的代理，利用他人身份设置下级账号并充值以获取返利，这种行为不仅违反了法律法规，而且严重损害了社会公共利益和他人合法权益。

二. 返利不应扣除，但应被收缴

1. 返利性质：在赌博网站中，代理通过充值获得的返利，本质上是通过非法手段获得的利益。这种利益不受法律保护，因此不存在“应扣除”的问题。
2. 资金收缴：根据相关法律法规，对于赌博等非法活动所得的资金，应当予以收缴。这意味着，不仅赌博赢得的钱款会被收缴，代理通过非法手段获得的返利也同样会被收缴。

三. 法律后果

1. 刑事责任：参与赌博或代理赌博网站的行为，可能构成犯罪，需要承担刑事责任。具体罪名和刑罚会根据案件的具体情况和法律规定来确定。
2. 民事责任：如果代理行为导致他人损失，还可能面临民事赔偿责任。被代理人有权要求代理赔偿因其违法行为而造成的损失。

我建议：远离任何形式的赌博和非法活动。如果已经涉及其中，应尽快向公安机关投案自首，争取从宽处理。同时，也要警惕他人利用自己的身份信息进行非法活动，保护好自己的个人信息和财产安全。如有进一步需要，您可以继续咨询我。