在民事诉讼中，要证明两家公司系关联公司，可以从以下几个方面进行举证和论证：
公司股权结构：首先，可以通过查询和提供两家公司的股权结构来证明它们之间的关联关系。如果一家公司直接或间接持有另一家公司的股份，或者两家公司共同被第三方公司持股，那么它们就很可能是关联公司。这通常涉及到公司注册资料、股东名册、股权转让协议等文件的查阅和提交。
公司高管人员：其次，可以关注两家公司的高管人员是否有重叠。如果两家公司的董事、监事、高级管理人员等存在相同的自然人，或者这些人员在两家公司之间频繁调动，那么这也可能是关联公司的一个迹象。这需要提交相关人员的任职文件、劳动合同、社保缴纳记录等证据。
公司业务往来：此外，两家公司之间的业务往来也是证明关联关系的重要依据。如果两家公司之间存在大量的交易往来，且这些交易在价格、数量、支付方式等方面存在异常或不符合市场常规，那么很可能这些交易是关联方之间的内部安排。这需要提交交易合同、发票、支付凭证、会计账簿等证据。
公司财务状况：最后，还可以通过分析两家公司的财务状况来辅助证明它们之间的关联关系。如果两家公司的财务报表存在相互勾稽、资金流转频繁且无法合理解释等情况，那么这也可能是关联公司的一个表现。这需要提交财务报表、审计报告、资金流水等证据。
综上所述，要证明两家公司系关联公司，需要从股权结构、高管人员、业务往来和财务状况等多个方面进行全面的举证和论证。在收集证据时，应确保证据的合法性、真实性和关联性，并尽可能形成完整的证据链来支持自己的主张。如果你在这方面遇到任何困难或疑问，都可以直接向我咨询。