被告人可以要求法律援助律师申请调取分公司工商局备案的材料以及公司章程。具体分析如下：
一. 法律援助律师的职责与权利
- 职责概述：法律援助律师是为经济困难或特殊案件的人提供无偿法律服务的律师。他们的职责包括为当事人提供法律咨询、代理诉讼等。
- 权利范围：在代理案件过程中，法律援助律师享有与其他律师相同的权利，包括调查取证权。这意味着，为了维护当事人的合法权益，律师有权向有关部门申请调取相关证据材料。
二. 调取分公司工商局备案材料与公司章程的合法性
- 证据的重要性：分公司工商局备案的材料以及公司章程，往往涉及公司的基本信息、股权结构、经营范围等，对于查明案件事实、判断当事人责任具有重要作用。
- 调取程序的合法性：律师在代理案件时，如需调取这些材料，应依法向相关部门提出申请，并遵循相应的程序规定。只要申请程序合法，相关部门通常应予配合。
三. 实践中的应用
- 例如，在一起涉及分公司经营纠纷的案件中，被告人认为分公司的某些行为违反了公司章程或相关法律法规，此时，法律援助律师就可以向工商局申请调取分公司的备案材料以及公司章程，以作为证明被告人主张的重要证据。
综上所述，被告人完全有权要求法律援助律师申请调取分公司工商局备案的材料以及公司章程，这是律师在代理案件过程中的一项重要权利，也是维护当事人合法权益的必要手段。如有进一步需要，您可以继续咨询我。