若三小证还在办理中营业被抓，应立即停止营业，并尽快完善相关证照办理，同时配合相关部门的调查与处理。针对这一问题，具体分析如下：

一. 立即停止营业

• 在三小证（通常指小餐饮、小食品店、小作坊等经营许可证）尚未办理完成的情况下营业，属于违规经营。一旦被相关部门查处，应立即停止营业活动，以避免进一步的法律后果。

二. 完善证照办理

• 尽快前往相关部门了解办理三小证的具体流程和所需材料，并积极准备和提交相关材料，以尽快完成证照办理。这一步骤是恢复合法经营的关键。

三. 配合调查与处理

• 对于相关部门的调查，应如实提供情况，说明正在办理证照的过程中，并表达积极配合整改的意愿。根据《行政处罚法》等相关法律法规，配合调查并主动整改的行为，有可能在处罚时得到从轻或减轻处理。

四. 可能的法律后果

• 根据违规经营的情节和后果，相关部门可能会给予警告、罚款、没收违法所得、责令停业整顿等行政处罚。若情节严重，还可能面临更严厉的处罚。

五. 后续经营建议

• 在完成证照办理并恢复合法经营后，应严格遵守相关法律法规，确保经营活动的合法性和规范性。同时，建议加强内部管理，提高法律意识，避免类似情况再次发生。

我建议，在面临此类情况时，保持冷静并积极配合相关部门的调查与处理。同时，尽快完善证照办理，以确保经营活动的合法性和稳定性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。