被告抗辩理由在一定条件下可以作为另案起诉。具体分析如下：

1. 抗辩理由与原案关联紧密的情况：

   • 如果被告的抗辩理由与原案联系非常紧密，从诉讼经济原则以及避免矛盾裁判等方面考虑，法院可能会要求在原案中一并审理，不允许另案起诉。
   • 例如，原案是合同纠纷，被告的抗辩理由是合同中的某个条款无效，这个条款无效的问题和整个合同纠纷紧密相关，那么很可能会在原案中一并处理。

2. 抗辩理由具有独立性的情况：

   • 如果被告的抗辩理由确实具有独立性，与原案的事实、法律关系相对分开，并且另案起诉满足民事诉讼法规定的起诉条件（如原告适格、有明确的被告、有具体的诉讼请求和事实理由、属于受诉法院管辖等），那么被告可以另案起诉。
   • 例如，被告的抗辩理由是之前存在一个独立的债权债务关系，与原案没有关联，那么被告就可以选择另案起诉来主张该抗辩事由所涉及的权利。

综上所述，被告抗辩理由能否作为另案起诉，关键在于抗辩理由与原案的关联程度以及是否符合另案起诉的法定条件。因此，在决定是否可以另案起诉时，需要综合考虑多方面因素，严谨审查其关联性及起诉条件。如果你有相关法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。