政府采购合同公示时，配置清单应当进行公示，除非它涉及国家秘密或商业秘密。具体来说：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国政府采购法实施条例》第五十条，采购人应当自政府采购合同签订之日起2个工作日内，将政府采购合同在省级以上人民政府财政部门指定的媒体上公告。但政府采购合同中涉及国家秘密、商业秘密的内容除外。
   • 财政部《关于做好政府采购信息公开工作的通知》(财库〔2015〕135号)也明确指出，政府采购合同应当自合同签订之日起2个工作日内公告，其中涉及国家秘密、商业秘密的部分可以不公告，但其他内容应当公告。

2. 配置清单的重要性：

   • 配置清单是政府采购合同的重要组成部分，它详细列出了采购物品或服务的具体规格、型号、数量等信息，是合同执行和验收的重要依据。
   • 公示配置清单有助于增加政府采购的透明度，让公众了解政府采购的具体情况，监督政府采购行为，防止腐败和不当行为的发生。

3. 特殊情况：

   • 如果配置清单中涉及国家秘密或商业秘密，那么这部分内容可以不进行公示。但采购人需要依据相关法律制度规定，如《保守国家秘密法》、《反不正当竞争法》等，来确定哪些内容属于国家秘密或商业秘密，并在合同中与供应商进行约定。

综上所述，政府采购合同公示时，除非配置清单涉及国家秘密或商业秘密，否则应当进行公示。这样做有助于增加政府采购的透明度，保障公众的知情权和监督权。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。