第三次全国农业普查依据的是《全国农业普查条例》。

一. 法规依据

• 根据国务院印发的《关于开展第三次全国农业普查的通知》（国发〔2015〕34号），明确指出“根据《全国农业普查条例》有关规定，国务院决定于2016年开展第三次全国农业普查”。这表明，第三次全国农业普查的法律依据是《全国农业普查条例》。

二. 普查目的和意义

• 农业普查是全面了解“三农”发展变化情况的重大国情国力调查，对于科学制定“三农”政策、保障国家粮食安全、促进我国实现农业现代化、新型城镇化、全面建成小康社会，具有十分重要的意义。

三. 普查对象和范围

• 普查对象包括在中华人民共和国境内的农村住户（包括农村农业生产经营户和其他住户）、城镇农业生产经营户、农业生产经营单位、村民委员会、乡镇人民政府等个人和单位。普查的行业范围涵盖农作物种植业、林业、畜牧业、渔业和农林牧渔服务业。

综上所述，第三次全国农业普查是依据《全国农业普查条例》进行的，旨在全面掌握我国农业、农村和农民的基本情况，为科学决策提供依据。