在大宗交易中，一部分高于市场价销售开具增值税专用发票，另一部分开具普通发票，这种行为是否合法，取决于具体的交易情况和税收法规的遵循情况。以下是对此问题的详细分析：

一. 税收法规的基本原则

1. 依法纳税：根据《中华人民共和国税收征收管理法》等税收法规，纳税人必须依法纳税，不得偷税、逃税、骗税。
2. 发票管理：根据《中华人民共和国发票管理办法》，发票是记录经营活动、明确经济责任的重要凭证，必须按照规定开具、使用、保管。

二. 具体交易情况的分析

1. 价格合理性：如果高于市场价的部分是合理的，比如因为产品质量、服务、品牌等因素导致的价格差异，且这部分交易依法开具了增值税专用发票，那么这部分交易是合法的。
2. 发票开具：对于开具普通发票的部分，如果交易真实、合法，且发票开具符合税收法规的规定，那么也是合法的。但需要注意的是，普通发票和增值税专用发票在税收处理上有所不同，必须按照规定分别开具。
3. 税收规避：如果通过高于市场价销售开具增值税专用发票，而另一部分开具普通发票的方式来规避税收，比如将应纳增值税的部分通过开具普通发票来逃避，那么这种行为是违法的。

三. 总结与建议

• 合法性判断：因此，判断这种交易方式是否合法，关键在于交易是否真实、合理，以及发票开具是否符合税收法规的规定。
• 税务风险：如果存在税务风险或疑虑，建议咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保交易的合法性。
• 合规建议：我建议企业在进行大宗交易时，应确保交易的合法性和合规性，避免通过不正当手段规避税收。同时，应建立完善的财务管理和发票管理制度，确保发票的合规开具和使用。

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