自建房公寓日租房是否合法，需根据具体情况判断；若存在违法行为，可向当地房地产主管部门举报。

一. 合法性分析

1. 自建房用于公寓日租的法律性质：自建房用于公寓日租，首先需确保房屋的建设、使用等符合相关法律法规，如《城乡规划法》、《建筑法》等。若自建房未取得合法手续或违反规划、建设等规定，则其用于公寓日租的行为可能违法。
2. 租赁行为的合法性：即使自建房本身合法，其作为公寓日租房也需遵守租赁相关法律法规，如《合同法》、《商品房屋租赁管理办法》等。例如，出租人需确保房屋的安全、卫生等条件符合规定，与承租人签订合法的租赁合同，并遵守关于租赁期限、租金等方面的规定。

二. 举报途径

若发现自建房公寓日租房存在违法行为，可向以下部门举报：

1. 当地房地产主管部门：根据《商品房屋租赁管理办法》第四条，县级以上地方人民政府建设（房地产）主管部门负责本行政区域内房屋租赁的监督管理。因此，若发现自建房公寓日租房存在违法租赁行为，可向当地房地产主管部门举报。
2. 其他相关部门：若自建房公寓日租房涉及其他违法行为，如违反城乡规划、建筑安全等，也可向相关部门举报，如城乡规划部门、建设部门等。

三. 举报注意事项

1. 明确举报内容：在举报时，应明确举报的具体内容，如违法行为的性质、时间、地点等，并提供相关证据材料。
2. 保护个人信息安全：在举报过程中，应注意保护个人信息安全，避免泄露个人敏感信息。

我建议，在举报前，可先了解相关法律法规和举报流程，确保举报的合法性和有效性。同时，若自建房公寓日租房确实存在违法行为，也应积极维护市场秩序和公共利益，勇于举报。如有进一步需要，您可以继续咨询我。