矿业权出让转让规定中的第五十五条已经失效，但其他条款仍然有效。具体分析如下：

一. 核心法规的废止情况

• 根据国土资源部发布的《关于停止执行〈关于印发〈矿业权出让转让管理规定〉的通知〉第五十五条规定的通知》（国土资发〔2014〕89号），明确停止执行《关于印发〈矿业权出让转让管理暂行规定〉的通知》（国土资发〔2000〕309号）中的第五十五条规定。这一决定是基于《中华人民共和国物权法》和《中华人民共和国担保法》的有关规定，旨在保证财产权人依法行使抵押权。

二. 法规的现行状态

• 需要注意的是，停止执行的是《矿业权出让转让管理暂行规定》中的第五十五条，而该暂行规定的其他条款并未被明确废止，因此仍然具有法律效力。

三. 实际影响

• 这一变化主要影响了矿业权出让转让过程中与抵押权行使相关的法律规定。对于涉及矿业权抵押的当事人，应当特别注意这一变化，并依据现行有效的法规条款来行使权利和履行义务。

综上所述，《矿业权出让转让管理暂行规定》中的第五十五条已经失效，但其他条款仍然有效。在矿业权出让转让过程中，当事人应当遵循现行有效的法规条款，并特别注意与抵押权行使相关的法律规定变化。如有进一步需要，您可以继续咨询我。