即使专利在实质审查阶段被驳回，其申请文件仍然在初步审查合格后被公开。下面是具体的分析：

一. 专利申请流程与公开节点

1. 初步审查：在专利申请提交后，首先会进行初步审查，主要是检查申请文件的格式、内容等是否符合要求。
2. 公开：初步审查合格后，专利申请文件会被公开，这意味着任何人都可以查阅到该申请的内容。
3. 实质审查：对于发明专利，初步审查合格后还会进入实质审查阶段，对专利的新颖性、创造性和实用性进行审查。

二. 实质审查驳回后的公开状态

• 无论实质审查结果如何，即使专利被驳回，其在初步审查合格后的公开状态不会改变。也就是说，专利申请文件一旦在初步审查后被公开，即使后续实质审查被驳回，该申请文件仍然保持公开状态，可以被公众查阅。

三. 实例说明

• 例如，你提交了一项发明专利申请，经过初步审查合格后，你的申请文件被公开。随后进入实质审查阶段，但审查结果是不符合专利授予条件，因此被驳回。尽管如此，你的专利申请文件在初步审查合格后的公开状态仍然有效，公众仍然可以查阅到该申请的内容。

我建议你在处理专利申请时，应充分了解并关注各个阶段的审查结果和公开状态，以便更好地管理你的专利资产。如有进一步需要，您可以继续咨询我。