合作社的账目不规范是有可能会受到处罚的。从您提供的参考信息中，我们可以看到湖南省郴州市北湖区的纪检监察部门对某农民专业合作社进行了专项监督检查，并发现该合作社在享受了涉农项目建设财政补贴资金后，存在财务凭证和记账资料缺失的问题。这主要是由于合作社没有专职会计，导致财务管理混乱。

对此，北湖区纪委监委不仅向相关职能部门发出了监察建议，还督促相关部门明确对资金使用不规范、账务管理混乱的合作社采取不予申报、不予拨款的财政补贴资金管理红线。这一措施表明，政府部门对合作社的财务管理有着严格的要求，并且会对不规范的行为进行监管和处罚。

此外，为了提升合作社的规范化管理，当地还推动了部分合作社成立涉农专业合作社联合社，并设立了联合社财务服务部，以增强对社员的财务做账服务能力，解决合作社财务不规范的问题。这也进一步说明了政府部门对合作社财务管理的重视，并采取了积极措施来帮助合作社提升财务管理水平。

综上所述，合作社应该高度重视财务管理规范性的问题，确保账目清晰、准确、完整，以避免可能的处罚。如果合作社存在财务管理不规范的问题，应该积极采取措施进行整改，以提升自身的财务管理水平和信誉度。