贪官违法所得优先追缴不够部分，一般不会从夫妻合法收入中追缴，但存在例外情况。

首先，追缴违法所得主要是针对违法者本人的财产。如果配偶的财产与违法所得没有直接的联系，那么配偶的财产通常不会被执行追缴。这是基于法律对于个人财产权益的保护，确保无辜配偶的合法财产不受牵连。

然而，在存在夫妻共同财产的情况下，且该共同财产中包含了违法所得部分发生了转化或者与其他财产混同的情况，那么在对夫妻共同财产进行分割之后，可以对属于违法者那一份额内的财产进行追缴。例如，如果违法者利用违法所得购买了房产，并将房产登记在夫妻双方名下，那么在分割房产并确定属于违法者的份额之后，就可以对该份额实施追缴。

综上所述，是否会从夫妻合法收入中追缴违法所得，关键在于明确配偶的财产与违法所得之间是否存在关联，以及是否属于独立于违法所得的合法财产关系。如果不存在关联且是独立的合法财产，就不会被追缴；如果存在关联或者并非独立的合法财产关系，就可能会对相关财产进行追缴。在处理此类问题时，应严格遵循法律规定，确保法律的公正实施和合法权益的保障。