在借款合同部分无效的情况下，借款人已还款性质的认定是一个相对复杂的问题，需要综合考虑合同的具体内容、无效部分与有效部分的区分、以及还款的意图和实际情况。以下是对这一问题的详细分析：

结论前置

在借款合同部分无效时，借款人已还款的性质应根据合同的具体条款、无效部分与借款、还款的直接关联性，以及还款时的意图和双方约定来综合认定。若还款明确针对有效部分，则性质为有效还款；若针对无效部分或无法区分，则可能引发争议，需进一步协商或诉讼解决。

详细分析

1. 合同部分无效与有效部分的区分：

   • 首先，需要明确借款合同中哪些条款或部分是无效的。这通常依据《民法典》中关于合同无效的规定来判断，如违反法律、行政法规的强制性规定，或存在欺诈、胁迫等情形。
   • 接下来，区分合同中的有效部分与无效部分。有效部分继续履行，无效部分自始无效，对双方无约束力。

2. 已还款与合同无效部分的关联：

   • 如果借款人已还款的部分明确是针对合同中的有效部分，那么该还款的性质就是有效的，即借款人履行了合同义务。
   • 如果已还款部分与合同中的无效部分有直接关联，或者无法明确区分是与有效部分还是无效部分相关，那么该还款的性质就可能存在争议。

3. 还款意图与双方约定：

   • 在处理此类争议时，还需要考虑借款人在还款时的意图。如果借款人明确表示还款是针对合同中的有效部分，且双方对此无异议，那么该还款应被认定为有效。
   • 另外，如果双方在还款时有明确的约定或协议，如还款计划、还款用途等，这些约定也可以作为判断还款性质的重要依据。

4. 争议解决方式：

   • 如果双方对已还款的性质存在争议，首先可以尝试通过协商或调解的方式解决。
   • 如果协商不成，双方可以依法向人民法院提起诉讼，由法院根据合同的具体内容、还款的实际情况以及双方的证据和陈述来作出判决。

综上所述，在借款合同部分无效的情况下，借款人已还款的性质需要根据合同的具体条款、无效部分与借款、还款的直接关联性，以及还款时的意图和双方约定来综合认定。如果双方对此存在争议，应首先尝试协商解决；协商不成时，可以依法向人民法院提起诉讼。