如果被告公司在庭外调解后申请破产，您可以按照以下步骤处理：

一、确认调解协议的效力

首先，您需要确认调解协议是否已经生效。如果调解协议已经生效，并且具有明确的给付内容，那么您可以根据相关法律规定，向法院申请强制执行。这一步是确保您的权益得到法律保障的重要步骤。

二、及时向管理人申报债权

如果公司破产程序已经启动，您需要及时向破产管理人申报债权。在申报时，您需要详细说明调解协议的情况，包括债权的性质、数额等。这样，在破产财产分配时，您才能按照法定程序获得相应的清偿。

三、处理已履行和未履行的调解协议部分

1. 已履行部分：如果调解协议中有部分已经履行，那么这部分通常被视为有效履行。您无需再对此部分进行额外处理。

2. 未履行部分：对于调解协议中尚未履行的部分，您可以将其作为普通破产债权来处理。在破产程序中，这部分债权将按照法定程序进行清偿。

四、关注破产程序进展并配合工作

在整个破产过程中，您需要密切关注破产程序的进展。同时，您需要配合破产管理人的工作，提供必要的资料和信息。这样，您才能更好地维护自己的合法权益。

五、特殊情况处理

如果调解过程中存在欺诈、胁迫等可撤销情形，您有权在规定期限内申请撤销调解协议。一旦撤销成功，争议将恢复到调解前的状态，您可以按照破产程序重新主张自己的权利。

综上所述，如果被告公司在庭外调解后申请破产，您需要确认调解协议的效力、及时向管理人申报债权、处理已履行和未履行的调解协议部分、关注破产程序进展并配合工作，以及在特殊情况下申请撤销调解协议。通过这些步骤，您可以最大程度地保障自己的合法权益。