直发包可以有中标通知书。具体分析如下：

一. 直发包的定义与流程

1. 直发包，通常指的是在特定情况下，项目业主不经过公开的招投标程序，而是直接选定承包商进行项目建设和施工的方式。这种方式在某些特定情境下是允许的，比如项目具有特殊性、紧急性，或者公开招标无法找到合适承包商等。
2. 在直发包的过程中，虽然省去了公开的招投标环节，但并不意味着没有任何书面文件或通知。相反，为了明确双方的权利和义务，项目业主通常会向选定的承包商发出中标通知书或类似的书面文件，以确认承包商的承包资格和承包条件。

二. 中标通知书的法律地位与作用

1. 法律依据：根据相关法律法规，中标通知书是招投标活动中的重要法律文件，它标志着招投标活动的结束和合同履行的开始。即使在直发包的情况下，中标通知书也具有重要的法律地位。
2. 作用：中标通知书不仅确认了承包商的承包资格，还明确了承包的具体条件，如承包范围、工期、质量标准等。它是双方签订正式合同的基础，也是处理后续合同履行过程中可能出现争议的重要依据。

三. 本案中的中标通知书

1. 在你提供的案例中，琼中黎族苗族自治县中医院向海南中瑞信息科技有限公司发出了直接发包通知书，该通知书实际上起到了中标通知书的作用。它明确了承包方、承包金额、项目范围、承包工期等关键信息，是双方后续签订发包合同的基础。
2. 因此，可以认为本案中的直接发包通知书实质上就是中标通知书的一种形式。

综上所述，直发包过程中是可以有中标通知书的，它不仅是双方协商签订正式合同的基础，也是处理后续合同履行过程中可能出现争议的重要依据。在你提供的案例中，琼中黎族苗族自治县中医院发出的直接发包通知书就起到了这样的作用。如有进一步需要，您可以继续咨询我。