政府部门的盖章协议一般具有法律效力。下面我从几个方面来详细解释这个问题：

1. 协议成立与生效：

   • 根据法律规定，合同在当事人签名、盖章或按指印时成立。依法成立的合同，自成立时生效，除非法律另有规定或当事人另有约定。
   • 政府部门的盖章行为，通常代表其认可协议内容，并愿意受协议约束。

2. 法律效力的条件：

   • 协议内容必须合法，不能违反法律、行政法规的强制性规定，也不能违背公序良俗。
   • 盖章的政府部门必须具备相应的民事行为能力，即其有权签署并履行该协议。
   • 协议必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。

3. 特殊情况下的无效或效力待定：

   • 如果协议内容违法违规，或者违背公序良俗，那么即使盖了章，协议也是无效的。
   • 如果盖章的政府部门不具备相应的民事行为能力，或者协议是在一方欺诈、胁迫下订立的，那么协议可能效力待定或无效。

4. 实例说明：

   • 假设政府部门与某企业签订了一份采购合同，合同上加盖了政府部门的公章。如果合同内容合法，政府部门有权签署该合同，且双方均真实意思表示，那么这份合同就具有法律效力。
   • 反之，如果合同内容涉及违法事项，或者政府部门在签署时存在欺诈、胁迫等情形，那么这份合同就可能无效或效力待定。

综上所述，政府部门的盖章协议在符合法律条件的情况下，一般具有法律效力。但具体法律效力还需根据协议的具体内容、签署主体的民事行为能力以及签署过程中的真实意思表示等因素来综合判断。如果您有具体的协议需要咨询，可以直接向我提问，我会根据您的具体情况给出更详细的法律意见。