医药代表被保卫科抓后，处理方式需根据具体情况来定。以下是从法律角度给出的全面分析：

1. 涉及违法犯罪行为：

   • 若医药代表存在商业贿赂（如在药品采购等环节给予回扣等不正当手段输送利益）、侵犯商业秘密、虚假宣传等违法犯罪行为，司法机关会首先对其进行立案侦查。
   • 侦查终结后，会根据掌握的证据情况，判断是否将案件移送至检察机关审查起诉。
   • 检察机关在审查后，若认定构成犯罪，便会向法院提起公诉。
   • 法院会依据相关法律条款对案件进行审理和判决，量刑会综合考虑犯罪事实、情节、危害后果等多方面因素。

2. 行政违法问题：

   • 若医药代表只是存在违反行业规范等行政违法问题，如未取得相关资质从事药品销售等，那么他们可能会面临行政处罚。
   • 常见的行政处罚方式有警告、罚款、没收违法所得、吊销许可证等。

3. 建议与应对：

   • 医药代表在面临被抓的情况时，应积极配合调查，如实陈述事实，避免提供虚假信息。
   • 若认为自己行为不构成犯罪或处罚过重，有权在侦查、审查起诉、审判等阶段提出辩解和申诉。
   • 建议医药代表在日常工作中严格遵守法律法规和行业规范，避免涉及违法犯罪行为。

综上所述，医药代表被保卫科抓后的处理方式需根据具体情况来定，可能涉及刑事诉讼或行政处罚。建议医药代表在日常工作中加强法律意识，遵守相关法律法规和行业规范，以防范潜在的法律风险。如有进一步法律问题，可直接向我咨询。