支票存根对方应签在存根联的相应位置。具体分析如下：

一. 支票存根签名的位置

1. 存根联的作用：支票存根是支票的重要组成部分，用于记录支票的基本信息和用途，以便后续核对和查账。存根联通常留在出票人手中，作为出票凭证。
2. 签名位置：在支票存根上，对方（即收款人或被背书人）应在存根联的相应位置签名，以确认收到支票并确认支票上的信息无误。签名的具体位置可能因不同银行或不同格式的支票而略有差异，但通常都会明确标注在存根联上。

二. 签名的重要性

1. 法律效力：在支票存根上签名，具有法律效力，表示签名者已确认支票上的信息，并愿意承担相应的法律责任。
2. 防止纠纷：签名可以作为出票人和收款人之间交易的真实凭证，有助于防止因支票丢失、被盗用或信息错误等原因引发的纠纷。

三. 操作建议

1. 仔细核对信息：在签名前，务必仔细核对支票上的所有信息，包括出票日期、金额、收款人名称等，确保无误后再签名。
2. 保留存根：出票人应妥善保管支票存根，以备后续核对和查账之需。

综上所述，支票存根对方应签在存根联的相应位置，这是支票交易中的重要环节，具有法律效力，并有助于防止纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。