针对您提出的“集体企业改制方案有问题怎么处理”的问题，以下是一些具体的建议和处理方式：
一、明确问题所在
首先，需要详细了解和分析改制方案中存在的问题。这可能涉及政策不符、程序违规、资产评估不准确、职工权益保障不足等多个方面。通过审计、评估、法律咨询等手段，确保问题的全面和准确揭示。
二、与相关部门沟通
一旦发现改制方案存在问题，应立即与负责改制的政府部门、监管机构或专业机构进行沟通。说明问题情况，寻求政策指导和支持，了解解决问题的合法合规途径。
三、调整或重新制定改制方案
根据问题的性质和严重程度，可能需要对原改制方案进行调整或重新制定。在调整或重新制定过程中，应充分考虑政策要求、企业实际情况、职工权益等多方面因素，确保方案的合理性、可行性和合法性。
四、加强内部管理和监督
在改制过程中，应加强企业内部管理和监督，确保改制工作的顺利进行。建立健全内部管理机制，明确责任分工，加强风险控制，防止类似问题的再次发生。
五、寻求法律援助和争议解决
如果改制方案问题涉及法律纠纷或争议，应及时寻求法律援助和争议解决途径。通过法律咨询、诉讼、仲裁等方式，维护企业、职工和债权人的合法权益。
六、总结经验和教训
无论问题是否得到解决，都应总结经验教训，为今后的改制工作提供参考。分析问题的成因、解决问题的过程和效果，提出改进措施和建议，不断完善改制工作机制和流程。
综上所述，处理集体企业改制方案中的问题需要全面、细致和合规地进行。通过明确问题所在、与相关部门沟通、调整或重新制定改制方案、加强内部管理和监督、寻求法律援助和争议解决以及总结经验和教训等措施，确保改制工作的顺利进行和企业、职工、债权人的合法权益得到有效保障。