在刑事案件中，认定手机是由本人操作的是一个综合性的判断过程，主要依赖于以下几个方面的证据和调查：

1. 直接证据：最直接的方式是通过手机的解锁方式，如指纹解锁、面部识别、密码或图案等，这些都需要操作者本人的生物特征或独家记忆的信息。如果这些信息与嫌疑人匹配，那么可以较为直接地认定手机是由其本人操作的。

2. 间接证据：

   • 使用记录：手机的使用记录，包括通话记录、短信、社交媒体活动、浏览历史等，如果这些活动的时间、内容、风格等与嫌疑人的日常行为、习惯或已知事实相吻合，那么可以作为间接证据证明手机是由其操作的。
   • 地理位置信息：手机中的GPS定位数据或基站定位信息，如果与嫌疑人案发时的活动轨迹一致，也能为认定其操作手机提供辅助证据。
   • 证人证言：如果有目击者看到嫌疑人操作手机，或者嫌疑人自己承认操作过手机，这些证人证言也是认定手机操作主体的重要证据。

3. 技术鉴定：

   • 数据分析：通过对手机中存储的数据进行专业分析，可能发现一些特定于嫌疑人的使用习惯或模式，如特定的打字方式、常用的应用或网站等。
   • 痕迹检验：检查手机上是否有嫌疑人的指纹、DNA等生物痕迹，虽然这不一定能直接证明操作手机，但可以作为辅助证据。

4. 综合判断：

   • 在实际案件中，往往需要综合考虑上述多种证据，通过逻辑推理和排除法，来最终认定手机是否由嫌疑人本人操作。
   • 需要注意的是，任何单一证据都可能存在误差或不足，因此必须谨慎评估每一项证据的可靠性和证明力，避免误判。

综上所述，认定手机是由本人操作的需要结合直接证据、间接证据、技术鉴定以及综合判断来进行。如果你在这方面有具体的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律分析和建议。