两个分包发生工程量由甲方代为付款签证时，应首先明确合同关系，确保付款流程合规，并妥善保留相关证据。具体分析如下：

一. 明确合同关系

1. 梳理合同条款：首先，应详细查阅甲方与两个分包商之间的合同，特别是关于工程量确认、付款条件、代付款项及签证流程等条款。根据《合同法》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，应严格遵守。
2. 确认甲方代付款的合法性：合同中应明确甲方是否有权或义务在两个分包商之间代付款项。若无明确约定，甲方应谨慎行事，避免涉及不必要的法律风险。

二. 确保付款流程合规

1. 工程量确认：由甲方、两个分包商共同对工程量进行确认，并签署书面文件。这既是合同履行的必要步骤，也是后续付款的重要依据。
2. 付款签证：甲方在代付款时，应要求两个分包商提供合法的付款凭证，如发票、收据等，并办理相应的付款签证手续。这有助于确保付款的合法性和有效性。

三. 妥善保留相关证据

1. 文档记录：甲方应妥善保存与代付款相关的所有文件，包括合同、工程量确认单、付款凭证、签证记录等。这些文件在发生纠纷时将成为重要的证据。
2. 电子证据：若采用电子方式支付或记录，应确保电子数据的真实性和完整性，并考虑采取公证、鉴证等措施增强其法律效力。

四. 法律建议

1. 合规操作：甲方在代付款过程中应严格遵守法律法规和合同约定，避免违规操作带来的法律风险。
2. 及时沟通：如遇到复杂或争议问题，甲方应及时与两个分包商沟通协商，寻求解决方案。良好的沟通是解决问题的基础。
3. 法律咨询：在必要时，甲方可寻求专业律师的法律咨询，以确保自身权益得到充分保护。

综上所述，甲方在两个分包发生工程量并代为付款签证时，应明确合同关系、确保付款流程合规，并妥善保留相关证据。如有进一步需要，您可以继续咨询我。