对于“借款单位只盖公章是否有效”的问题，这需要根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细解答：

一、法律规定与原则

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。借条作为合同的一种表现形式，加盖公章通常意味着法人对借条内容的认可，具有法律效力。

二、影响借条有效性的因素

1. 借条内容的真实性与合法性：

   • 借条必须真实合法，不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗。例如，借条应明确记载借款金额、借款时间、还款时间、利息等关键要素，且利息设置应合理。

2. 公章的真实性与合法性：

   • 公章是法人权利的象征，其真实性至关重要。若公章系伪造、盗用，或存在其他非法情形，且相对人知道或应当知道该情况，借条可能会被认定为无效。

3. 借款行为与公司规定的符合性：

   • 借款行为需符合公司的内部规定，特别是关于借款审批流程、金额限制等方面的规定。若借款行为违反公司规定，可能会影响借条的效力。

4. 法人签字的重要性：

   • 尽管只有公章的借条在多数情况下可能有效，但为确保借条的严谨性和法律效力，建议最好还是由法人亲笔签字并加盖公章。法人签字可以进一步证明借款行为是公司的真实意思表示，降低法律风险。

三、实际操作建议

1. 确保借条内容完整、真实、合法：在签订借条时，应仔细核对借条内容，确保所有关键要素齐全且符合法律法规要求。

2. 核实公章的真实性：在接受借条时，应仔细核实公章的真实性，避免使用伪造或盗用的公章。可以通过与公司官方公章进行比对或要求公司提供公章使用证明等方式进行核实。

3. 了解并遵守公司借款规定：在借款前，应了解并遵守公司的借款规定，确保借款行为符合公司内部审批流程和金额限制。

4. 建议法人签字并加盖公章：为增强借条的法律效力，建议同时要求法人签字并加盖公章。这样做可以进一步证明借款行为的真实性和合法性，降低法律风险。

综上所述，借款单位只盖公章的借条并不一定有效，其效力取决于多个因素的综合判断。在实际操作中，应谨慎处理借条的签订和审核工作，确保双方权益得到充分保障。