超限运输扣车主要依据的是《中华人民共和国道路交通安全法》、《公路安全保护条例》、《道路货物运输及站场管理规定》、《中华人民共和国公路法》以及《超限运输车辆行驶公路管理规定》等法律法规。以下是详细的解答：
一、主要法律依据及扣车条款
《中华人民共和国道路交通安全法》：
- 第九十二条规定，货运机动车超过核定载质量的，公安机关交通管理部门可扣留机动车至违法状态消除，并处以相应罚款。
《公路安全保护条例》：
- 第六十五条规定，对于未按指定时间、路线和速度行驶的超限运输车辆，或未随车携带超限运输车辆通行证的，公路管理机构或公安机关交通管理部门有权扣留车辆。
- 第六十七条规定，若扰乱超限检测秩序或逃避超限检测，公路管理机构可采取强制拖离或扣留车辆的措施，并处以罚款。
《道路货物运输及站场管理规定》：
- 第六十二条规定，道路货物运输经营者因配载造成超限超载情况严重的，可能会面临扣车处理。
《中华人民共和国公路法》：
- 第五十条和第七十六条明确规定了超过公路限载标准的车辆不得在有限定标准的公路上行驶，违反者由交通主管部门责令停止违法行为，并可处以罚款，同时公路管理机构有权扣押车辆。
《超限运输车辆行驶公路管理规定》：
- 第二十七条要求违法超限车辆需自行消除违法状态，必要时公路管理机构可扣押车辆。
- 第三条还明确了超限运输车辆的具体定义和限定标准。
二、超限运输车辆的具体认定标准
根据《超限运输车辆行驶公路管理规定》，超限运输车辆主要依据车货总高度、宽度、长度以及车货总质量来认定。例如，车货总高度从地面算起超过4米、车货总宽度超过2.55米、车货总长度超过18.1米或二轴货车车货总质量超过18000千克等，均属于超限运输车辆。
三、处罚标准与处理流程
- 处罚标准：根据超限程度的不同，处罚力度也会逐渐加大。例如，超限10%以下可能以批评教育为主，而超限30%以上则可能面临更严厉的处罚，直至扣留车辆。
- 处理流程：车主或驾驶人需及时消除超载或超限的违法状态，如卸载货物，并在规定时间内到交警大队提交相关证件，接受处罚。处理完相关事宜后，方可取回车辆。
四、注意事项
- 车主或驾驶人应密切关注扣车期限，避免超期扣押导致的法律问题。
- 在面对交通部门或交警的调查处理时，应积极配合，以便尽快解除车辆扣押。
综上所述，超限运输扣车的法律依据明确且程序严格。车主和驾驶人应严格遵守相关法律法规，确保车辆装载符合规定，以保障道路交通安全和公路设施的完好。