对于冒用地理标识但已经下架的行为，处罚应依据具体情节和法律规定来判断，可能包括罚款、没收违法所得等行政处罚，严重的还可能构成犯罪。
一. 法律分析
冒用地理标识的违法性：
- 根据《中华人民共和国产品质量法》第五条，禁止伪造或者冒用认证标志、名优标志等质量标志，以及伪造产地，伪造或者冒用他人的厂名、厂址等违法行为。地理标识作为产品质量的重要标志之一，冒用地理标识同样属于违法行为。
下架后的处理：
- 虽然商品已经下架，但冒用地理标识的行为已经发生，其违法性不因下架而消除。下架行为可以作为减轻处罚的情节予以考虑，但不能完全免除法律责任。
处罚措施：
- 根据《中华人民共和国产品质量法》第五十三条，对于伪造产品产地的，伪造或者冒用他人厂名、厂址的，伪造或者冒用认证标志等质量标志的，责令改正，没收违法生产、销售的产品，并处违法生产、销售产品货值金额等值以下的罚款；有违法所得的，并处没收违法所得；情节严重的，吊销营业执照。
- 如冒用地理标识的行为构成犯罪，如诈骗、侵犯知识产权等，还将依法追究刑事责任。
二. 处理建议
主动配合调查：
- 如相关部门已介入，建议主动配合调查，如实陈述事实，提供相关证据，以争取减轻处罚。
整改与预防：
- 对已下架的商品进行彻底清查，确保不再存在冒用地理标识的情况。
- 加强内部管理，建立健全产品标识管理制度，防止类似问题再次发生。
法律咨询与应对：
- 如对处罚决定有异议，建议及时咨询专业律师，了解法律救济途径，维护自身合法权益。
我建议，对于已经下架的冒用地理标识商品，应主动向相关部门报告，并配合调查处理。同时，加强内部管理，确保产品标识的合法性和准确性，以避免类似的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。