当您的汽车因两次闯红灯被扣满12分时，您需要按照以下步骤处理：

一、法规学习与考试

1. 暂扣驾驶证：根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，您的驾驶证将被暂扣。您必须在收到通知后的第十五个工作日内，前往机动车驾驶证核发地或违法行为地的公安机关交通管理部门。

2. 参加学习：您将需要参加为期七天的道路交通安全法律、法规以及相关知识的学习课程。这是为了增强您的交通安全意识，并确保您了解并遵守交通规则。

3. 参加考试：学习结束后，车辆管理所将在二十个工作日内组织您进行相应的道路交通安全法律、法规及相关知识的考试。考试内容将涵盖您学习期间所学的知识点。

4. 取回驾照：若您成功通过考试，便可取回您的驾照。若未能通过，则需继续接受学习与考试，直至考试合格为止。

二、处理罚款

除了扣分和参加学习考试外，闯红灯还会被罚款。您需要按照交通违法处罚决定书上的要求，在规定的时间内缴纳罚款。罚款金额根据不同地区的具体规定可能会有所不同。

三、注意事项

1. 不能继续驾驶：在驾驶证被暂扣期间，您不能驾驶任何机动车。否则，将面临更严重的处罚，包括但不限于罚款、扣车、吊销驾驶证，甚至刑事责任。

2. 遵守交通规则：为了避免再次扣分和罚款，您应该严格遵守交通规则，不闯红灯、不超速、不酒驾等。

3. 及时查询违章信息：建议您定期查询自己的车辆违章信息，以便及时发现并处理违章行为。

综上所述，当您的汽车因两次闯红灯被扣满12分时，您需要按照上述步骤参加法规学习与考试，并处理相应的罚款。同时，您也应该加强交通安全意识，遵守交通规则，以确保自己和他人的安全。