连续两次闯红灯被扣12分后，需按以下步骤处理：

1. 接受处罚并缴纳罚款
   根据《道路交通安全法》及实施条例，闯红灯一次记6分、罚款200元，两次即累计记12分、罚款400元。您需在收到处罚决定书后15日内，通过交管12123APP、银行或交警窗口完成罚款缴纳。逾期未缴纳可能产生滞纳金，并影响后续驾驶证处理。

2. 参加满分教育学习
   驾驶证记满12分后，需在15日内到驾驶证核发地或违法行为地车管所报名参加7天交通安全法律、法规学习（每日满4小时）。学习内容涵盖交通法规、事故案例分析等，需通过现场签到或线上打卡完成。

3. 通过科目一考试
   完成学习后，需在20日内预约并参加科目一理论考试（满分100分，90分合格）。考试内容为交通法规基础知识，若未通过需重新预约补考（补考次数不限，但需缴纳补考费）。

4. 领取驾驶证并清分
   考试合格后，车管所会在1个工作日内核发《机动车驾驶人违法满分考试信息反馈通知书》，您需持此通知书及身份证到车管所领取驾驶证，同时系统自动清除12分记录。若未在规定时间内处理，驾驶证可能被暂扣或注销。

特殊情形提醒：

• 实习期驾驶员：若处于实习期（C1证12个月内）被记满12分，驾驶证将直接注销，需重新报名驾考。
  
• A/B类驾驶证：持有大型客车、牵引车等驾驶证的驾驶员，记满12分后除满分教育外，还需降级处理（如A1降为A3）。
  
• 异地处理：若违法行为发生地与驾驶证核发地不同，可选择在任一车管所处理，但满分教育需在核发地完成。

建议：

• 及时处理避免滞纳金，可通过交管12123APP查询违法记录及处理进度。
  
• 学习期间严格遵守考勤要求，避免因缺勤导致学习无效。
  
• 考试前充分复习题库（可通过驾考宝典等APP练习），确保一次性通过。
  

如有其他疑问，可直接向我咨询，我会结合具体情形为您进一步分析。