在合同纠纷中，关于合同对方是代理人时合同签字应该由谁签的问题，我可以给出以下详细解答：

核心结论：合同签字应根据具体情况确定，可以由被代理人签字，也可以由代理人签字，但应明确标注代理身份。

1. 被代理人签字：

   • 在正常代理行为中，代理人以被代理人名义实施民事法律行为，这种情况下，为表明合同主体是被代理人，应由被代理人亲自签字。
   • 若被代理人因特殊原因无法亲自签字，可以出具明确的授权委托书，委托代理人代为签字，但代理人签字时应注明“代XXX（被代理人姓名）签”或类似表述，以明确代理身份。

2. 代理人签字：

   • 在某些情况下，如被代理人授权明确且代理人身份得到确认，代理人也可以直接在合同上签字。
   • 代理人签字时，应确保自己具有合法的代理权，并在签字时注明自己的代理身份，如“代理人XXX（代理人姓名）”或类似表述。
   • 若代理人因特殊情况需以自己名义签订合同（如隐名代理），应事先与被代理人明确约定，并在合同中明确标注代理关系及代理权限。

法律依据：

• 《中华人民共和国民法典》第一百四十三条规定了民事法律行为的有效条件，其中包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实以及不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
• 《中华人民共和国民法典》第四百九十条规定了当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。

法律建议：

• 在签订合同时，应明确合同各方的身份及代理关系，确保合同主体及代理权限的合法性。
• 若涉及代理签字，应出具明确的授权委托书，并在合同中注明代理身份及代理权限，以避免后续产生纠纷。
• 在合同履行过程中，应妥善保管合同及相关文件，以便在发生纠纷时提供有效证据。

希望以上解答能对您有所帮助。如有其他合同纠纷或经济纠纷相关问题，欢迎随时向我咨询。