在耕地上堆放建筑材料违反了《土地管理法》第二条第三款以及第七十七条第一款。以下是具体分析：

一. 法条依据与行为性质

1. 法条依据：

   • 《土地管理法》第二条第三款明确规定：“任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。土地使用权可以依法转让。”此条款确立了土地使用的合法性原则，即任何对土地的使用都必须经过合法批准。
   • 《土地管理法》第七十七条第一款规定：“未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地……”此条款进一步明确了非法占用土地的法律责任。

2. 行为性质：

   • 在耕地上堆放建筑材料，未经土地管理部门批准，改变了土地的使用性质，从农业用地变为了非农业用途，这明显违反了《土地管理法》关于土地使用合法性的规定。

二. 法律后果与处罚措施

1. 法律后果：

   • 根据江苏省自然资源厅的答复，未经批准擅自在土地上（农用地等）堆放建筑垃圾的行为属于非法占地。这一行为不仅违反了土地管理法规，还可能对土地资源和生态环境造成破坏。

2. 处罚措施：

   • 对尚未造成耕作层破坏的，可以依据《土地管理法》第七十七条第一款进行处罚，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状等，并可以并处罚款。
   • 若行为破坏了种植条件或造成农用地大量毁坏，还可能面临更严厉的处罚，包括移送公安机关依法追究刑事责任。

综上所述，在耕地上堆放建筑材料明确违反了《土地管理法》的第二条第三款和第七十七条第一款。这一行为不仅违法，而且可能对土地资源和生态环境造成严重损害。因此，我建议相关单位和个人在使用土地时务必遵守法律法规，确保土地使用的合法性和可持续性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。