水上交通运输业确实适用于《中华人民共和国海上交通安全法》。以下是具体的分析：
一. 适用水域与范围
广泛适用性：《中华人民共和国海上交通安全法》的适用范围涵盖了中华人民共和国内水、领海、毗连区、专属经济区以及其他我国依据国际法和国内法律享有管辖权的海域。这意味着，在这些水域内进行的所有海上交通活动，包括水上交通运输业，均受该法的约束。
特定规定：对于沿海水域，该法还有特别的规定，强调了对航行、停泊和作业的船舶、设施和人员的监管。这进一步确认了水上交通运输业在该法中的适用地位。
二. 法律保障与监管
法律保障：通过明确适用范围和相关规定，《海上交通安全法》为海上交通活动的有序进行提供了坚实的法律保障。这包括水上交通运输业在内的所有海上交通活动。
监管实施：港务监督机构作为主管机关，负责对该区域的交通安全实施统一监督管理。这确保了水上交通运输业在沿海水域的安全与秩序。
综上所述，水上交通运输业作为海上交通活动的重要组成部分，明确适用于《中华人民共和国海上交通安全法》。该法通过其广泛的适用范围和特定的规定，为水上交通运输业的安全与秩序提供了有力的法律保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。