关于“小三孩子户口上女方时，男方签了字是否有不利影响”这个问题，其实主要涉及到的是户籍登记、亲子关系确认以及可能存在的法律和社会层面的影响。以下是对这一问题的详细解答：

一、户籍登记流程

在正常情况下，孩子的户籍登记需要父母双方的共同确认，包括提供身份证、结婚证、孩子的出生证明等相关证件。如果父母双方都在场并签字确认，那么孩子的户籍登记通常可以顺利进行。

然而，在您所描述的情况下，如果涉及到“小三”和“非婚生育”等复杂因素，户籍登记可能会变得更加复杂。这主要是因为，在这种情况下，孩子的出生可能并没有得到法律上的正式认可，或者存在亲子关系上的争议。

二、亲子关系确认

1. 如果男方签字确认亲子关系：

   • 这意味着男方在法律上承认了与孩子的亲子关系。
   • 这可能对孩子的抚养权、继承权等法律问题产生影响。
   • 如果后续男方反悔或提出异议，可能需要通过法律途径来解决亲子关系的争议。

2. 如果男方未签字或拒绝确认亲子关系：

   • 这可能导致孩子的户籍登记遇到困难。
   • 在这种情况下，可能需要通过亲子鉴定等科学方法来确认亲子关系。

三、可能存在的法律和社会影响

1. 法律影响：

   • 男方的签字可能构成法律上的承认或否认，对未来的法律纠纷具有重要影响。
   • 如果存在抚养权、继承权等争议，男方的签字将作为重要证据。

2. 社会影响：

   • 这种情况可能对孩子的成长环境产生负面影响，如家庭关系紧张、社会舆论压力等。
   • 男方签字后，如果后续关系发生变化，可能对孩子的心理造成一定影响。

四、建议

1. 咨询专业人士：在处理这类复杂问题时，建议咨询专业的律师或户籍管理人员，以获取准确的法律意见和指导。
2. 考虑亲子鉴定：如果存在亲子关系上的争议，可以考虑通过亲子鉴定来科学确认亲子关系，以避免未来的法律纠纷。
3. 关注孩子的权益：在处理这类问题时，应始终关注孩子的权益和成长环境，确保他们的身心健康得到妥善保护。

综上所述，男方签字是否对孩子户口上女方产生不利影响，取决于具体的法律和社会环境，以及后续可能发生的法律纠纷和亲子关系争议。因此，在处理这类问题时，应谨慎考虑并咨询专业人士的意见。