物流公司之间有纠纷，不可以扣除客户的货。下面我从法律角度为您详细解释：

1. 合同相对性原则：

   • 根据合同相对性原则，合同关系仅存在于特定的当事人之间，即合同一方只能向合同的另一方提出请求或提起诉讼，而不能向与合同无关的第三方提出。在物流纠纷中，物流公司之间的纠纷应当通过它们之间的合同关系来解决，而不应涉及到无辜的第三方客户。

2. 客户货物的法律地位：

   • 客户委托物流公司运输的货物，其所有权通常仍属于客户，除非有特别的约定。因此，物流公司无权因与其他物流公司的纠纷而扣押或处置客户的货物。

3. 法律责任与后果：

   • 如果物流公司擅自扣押客户的货物，可能会构成违约或侵权行为，需要承担相应的法律责任。客户有权要求物流公司返还货物，并可能要求赔偿因此造成的损失。

综上所述，物流公司之间有纠纷时，应当通过合法途径解决，如协商、调解、仲裁或诉讼等，而不应扣除或处置客户的货物。如果您遇到类似情况，建议及时咨询专业律师，以维护您的合法权益。