投标文件总公司章不能代替分公司章。以下是对此问题的详细分析：
一. 总公司章与分公司章的区别及法律效力
区别：总公司章代表总公司的法人意志，而分公司章则代表分公司的运营行为。两者在法律上具有明确的区分，不能混用。
法律效力：投标文件上加盖的印章，直接反映了投标主体的身份和意愿。总公司章不能代替分公司章，因为这将导致投标主体的混淆，可能引发法律纠纷。
二. 投标文件盖章的规范要求
明确合同主体：在投标文件中，应明确标注投标主体的名称，并加盖相应主体的印章。如果是分公司投标，应加盖分公司章。
避免法律纠纷：为了避免因印章使用不当而引发的法律纠纷，建议严格遵循印章使用的规范，确保投标文件的合法性和有效性。
三. 实际操作建议
审查投标要求：在准备投标文件前，务必仔细审查招标文件中的投标要求，确保按照要求准备和提交投标文件。
正确盖章：根据投标主体的实际情况，选择正确的印章进行加盖。如果是分公司投标，应确保分公司章的有效性，并严格按照规范使用。
综上所述，投标文件总公司章不能代替分公司章。为了确保投标文件的合法性和有效性，建议严格遵循印章使用的规范，明确投标主体的身份和意愿。如有进一步需要，您可以继续咨询我。