第三方基因检测在符合一定条件下是合法的。以下是对这一问题的详细解答：

首先，从政策层面来看，为了规范基因检测工作，确保检测结果的真实性、准确性和有效性，并保障医疗质量和医疗安全，相关部门（如福建省卫生健康委员会、厦门市卫生健康委员会等）已经出台了一系列通知和规定。这些文件明确指出了基因检测的重要性，并对如何规范开展基因检测工作提出了具体要求。

在这些规定中，关于第三方基因检测的内容主要包括以下几点：

1. 资质要求：第三方检测机构必须具备医疗机构资质，并符合开展相应检测项目的资质要求。这意味着，不是所有的第三方机构都可以进行基因检测，只有那些经过相关部门审核并具备相应资质的机构才能合法开展业务。

2. 委托协议：医疗机构如果需要委托第三方检测机构进行基因检测，必须以医疗机构为主体与被委托机构签订委托协议。这一规定确保了委托过程的合法性和规范性。

3. 外送检测管理：对于院内无法开展的基因检测项目，医疗机构需要按照一定的程序（如科室主任签字同意、告知患者或家属并签署知情同意书等）进行外送检测。在外送检测过程中，也应优先选择符合条件的医疗机构或第三方检测机构，并确保检测报告的准确性和可靠性。

此外，这些规定还强调了尊重患者的知情同意权、加强监督管理以及保障信息安全等方面的内容。这些措施共同构成了对第三方基因检测合法性的有力保障。

综上所述，第三方基因检测在符合相关政策规定和资质要求的前提下是合法的。患者在选择第三方检测机构时，应关注其是否具备相关资质和信誉度，以确保检测结果的准确性和可靠性。同时，医疗机构也应加强对第三方检测机构的管理和监督，确保委托过程的合法性和规范性。