车牌被恶意掰弯车主不知情上路经过三个红绿灯，一般情况下不会被扣分。具体分析如下：

首先，根据交通法规，车辆上路必须保持车牌清晰、完整，但此情况中车牌被恶意掰弯，车主并不知情，属于非主观故意行为。

其次，关于交通违章的扣分，通常与具体的违章行为相关联，如闯红灯、逆行、超速等。而车牌被掰弯本身并不直接构成违章行为，也不会导致扣分。若因此导致车牌无法被正常识别，且车主在不知情的情况下上路，若被交警查获，可能会面临警告或处罚，但通常不会以扣分的形式进行处罚。

再者，即便车主因此被交警查获，也可以向交警部门说明情况，并提供相关证据（如监控录像、报警记录等）来证明自己的无辜。在证据充分的情况下，交警部门通常会给予合理的处理，不会盲目扣分。

综上所述，车牌被恶意掰弯车主不知情上路经过三个红绿灯，一般情况下不会被扣分。但车主在发现车牌被掰弯后，应尽快报警并修复车牌，以避免因此产生的潜在法律风险。同时，也建议车主加强车辆的安全防范，防止类似事件再次发生。