将自行车放在车顶上，其合法性主要取决于具体的装载方式以及是否遵守了相关的交通法规。一般情况下，如果自行车安装牢固，不会对车辆行驶安全造成影响，且不妨碍其他道路使用者的正常通行，同时符合相关交通法规规定的车辆载物要求，那么这种行为通常不违法。但具体到实际操作中，有多个因素需要考虑：
违反安全规定：根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第五十四条的规定，载客汽车除车身外部的行李架和内置的行李箱外，不得载货。同时，对行李架载货的高度也有严格限制，从车顶起高度不得超过0.5米，从地面起高度不得超过4米。由于自行车的尺寸和形状，将其放置在车顶上往往难以符合这些高度限制，因此很容易违反这一安全规定。
妨碍安全驾驶：将自行车放置在车顶上，如果固定不牢固，车辆在行驶过程中自行车可能会掉落，对后方车辆构成严重的安全威胁，甚至引发交通事故。此外，不规范地放置自行车还会改变车辆的外形轮廓，影响车辆的操控性能，分散驾驶员的注意力，从而进一步妨碍安全驾驶。
特定路段的限制：在高速公路等特定路段，通常是禁止在车辆外部载货的。即使自行车放置看似安全，也可能因为违反了这些特定路段的管理规定而构成违法。
综上所述，将自行车放在车顶上行驶，在很多情况下都是不合法的，且存在极大的安全隐患。为了自身和他人的安全，请务必遵守相关法律法规，使用合适的载具或行李架来装载自行车。如果你有任何关于交通法规的疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。