当您的银行卡因涉嫌案件而被冻结，且卡内有合法资金时，您可以按照以下步骤来处理和解决问题：

一、保持冷静，及时了解情况

首先，不要过于慌张。在发现银行卡被冻结后，应尽快与相关银行取得联系，详细了解资金被冻结的具体原因、状态以及涉及的案件情况。这将有助于您更好地了解后续的处理流程。

二、积极配合调查

若您确实不清楚资金来源是否违法，应积极主动地配合公安机关的调查工作。如实提供自己所知道的所有信息，包括交易记录、业务往来凭证、合同等，以协助公安机关尽快查清事实。同时，不要隐瞒或谎报任何信息，以免给自己带来不必要的麻烦。

三、准备证据，证明资金合法性

搜集并准备好能证明资金合法来源的相关证据。这些证据可以包括交易记录、业务往来凭证、合同、收入证明等。这些证据将为您的资金合法性提供有力支撑，有助于公安机关更快地解除对资金的冻结。

四、关注处理结果，及时提出异议

公安机关在调查清楚后，会根据资金与案件的具体关联情况作出处理决定。如果资金与案件无关，公安机关会及时解除冻结，并将资金返还给您。如果资金涉及违法犯罪活动，则会被依法没收上缴国库。

如果您对处理结果有异议，可以向公安机关或相关司法机关提出申诉，并提供相关证据来支持您的观点。在申诉过程中，要保持冷静和理性，通过合法途径来维护自己的权益。

五、遵守法律规定，不私自处理资金

在整个处理过程中，您应严格遵守法律规定，不要私自处理涉案资金或试图隐匿资金。否则，您可能会面临更严重的法律后果。只有积极配合执法机关，运用合法手段维护自身权益，才是处理银行卡涉案资金的正确做法。

总之，当您的银行卡涉嫌案件且卡内有合法资金时，应保持冷静、积极配合调查、准备证据、关注处理结果并及时提出异议，同时遵守法律规定不私自处理资金。这样才能更好地维护自己的合法权益。