超标的水费应由自来水公司根据用户的实际损失进行赔偿。以下是对此问题的详细分析：

一. 赔偿责任的确定

1. 自来水公司的责任：若超标的水费是由于自来水公司的错误或疏忽（如计量设备故障、错误抄表等）导致的，自来水公司应承担赔偿责任。
2. 用户的权益：用户作为消费者，有权要求自来水公司提供准确、合理的计费服务。当因自来水公司的原因导致水费超标时，用户有权要求赔偿。

二. 赔偿金额的计算

1. 实际损失：赔偿金额应基于用户因超标水费而产生的实际损失。这通常包括用户多支付的水费金额，以及因处理此事而产生的合理费用（如交通费、通讯费等）。
2. 证据提供：用户应提供相关的证据来证明自己的损失，如水费账单、支付凭证、与自来水公司的沟通记录等。

三. 赔偿流程

1. 协商：用户首先应与自来水公司进行协商，明确赔偿金额和赔偿方式。
2. 投诉与调解：若协商无果，用户可以向相关监管部门投诉，或寻求消费者协会的帮助进行调解。
3. 法律途径：若上述方式均无法解决问题，用户可以通过法律途径来维护自己的权益，如提起诉讼。

四. 法律依据

• 《中华人民共和国民法典》第一千一百六十五条：行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。在此情况下，自来水公司因其过错（如计量设备故障）导致用户损失，应承担赔偿责任。
• 《中华人民共和国消费者权益保护法》相关条款也保护消费者免受不公平或欺诈性交易的侵害，并提供了相应的救济措施。

我建议，在寻求赔偿前，用户应确保收集到充分的证据来证明自己的损失，并与自来水公司进行积极沟通。若协商无果，可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。