针对“员工投诉公司，公司怎么处理”的问题，以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

首先，公司需要认识到，员工投诉是公司运营中不可避免的一部分，它可能是员工对公司某些方面的不满或建议的反映。因此，公司应当积极、公正、及时地处理员工的投诉。

一、建立投诉处理机制

1. 设立专门的投诉渠道：公司可以设立热线电话、电子邮箱、信访接待室等，确保员工能够方便地提出投诉。
2. 制定投诉处理流程：明确投诉的接收、登记、调查、处理、反馈等各个环节的责任人和时间节点，确保投诉能够得到及时有效的处理。

二、接收并登记投诉

当公司接收到员工的投诉时，应当立即进行登记，并详细了解投诉的具体内容、投诉人的基本信息以及投诉的时间等。同时，要告知投诉人公司将会对投诉进行调查，并会及时给予反馈。

三、公正调查投诉

1. 成立调查小组：根据投诉的性质和严重程度，公司可以成立专门的调查小组，对投诉进行深入的调查。
2. 收集证据：调查小组需要收集与投诉相关的所有证据，包括但不限于书面材料、电子邮件、聊天记录、证人证言等。
3. 访谈相关人员：调查小组需要与投诉人、被投诉人以及可能了解投诉情况的其他员工进行访谈，以获取更全面的信息。

四、处理投诉并反馈结果

1. 分析调查结果：调查小组应当对收集到的证据和访谈记录进行分析，确定投诉是否成立以及责任归属。
2. 制定处理方案：根据调查结果，公司需要制定具体的处理方案，包括但不限于道歉、赔偿、改进工作流程、加强培训等。
3. 反馈处理结果：公司应当及时将处理结果反馈给投诉人，并告知其公司将会采取的具体措施。同时，也要向被投诉人说明处理结果和原因。

五、持续改进与预防

1. 总结经验教训：公司应当对每一次投诉进行总结和分析，找出问题的根源和共性，以便在未来的工作中加以改进。
2. 加强员工培训：通过培训提高员工的服务意识和职业素养，减少因员工个人原因导致的投诉。
3. 完善公司制度：针对投诉中暴露出的问题，公司应当及时完善相关制度和工作流程，从源头上预防类似问题的再次发生。

综上所述，处理员工投诉需要公司建立完善的投诉处理机制、公正调查投诉、及时处理并反馈结果，以及持续改进与预防。只有这样，才能确保员工的合法权益得到保障，同时促进公司的长期稳定发展。