针对“原告不适合格已经立案如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们要明确“原告主体不适格”的含义，即原告并不具备提起诉讼的法定资格或与案件没有直接利害关系，这样的起诉就缺乏正当性基础。

当法院在立案后发现原告主体不适格时，会依据相关法律规定进行处理。具体处理方式如下：

1. 裁定不予受理或驳回起诉：

   • 如果原告的起诉不符合起诉条件，人民法院会裁定不予受理。
   • 如果已经受理，但在审理过程中发现原告主体不适格，人民法院会裁定驳回起诉。

2. 告知原告变更：

   • 在某些情况下，如果原告主体不适格是因为误列了被告或选择了错误的诉讼对象，法院可能会告知原告进行变更。
   • 如果原告同意变更，并按照法院的要求进行了更正，那么诉讼可能会继续进行。
   • 如果原告不同意变更，法院则可能会裁定驳回原告对不适格被告的起诉。

3. 重新确定适格主体：

   • 对于因主体不适格导致诉讼无法继续进行的情形，当事人可以通过协商等方式重新确定适格主体。
   • 在确定了新的适格主体后，可以依法重新提起诉讼，以解决纠纷。

4. 承担赔偿责任：

   • 如果因原告主体不适格给对方造成了损失，并且原告有过错，那么原告可能需要承担相应的赔偿责任。

此外，值得注意的是，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，原告对裁定不服的，可以提起上诉。这意味着，如果原告认为法院的裁定有误，可以通过法律途径进行申诉和救济。

综上所述，立案后发现原告主体不适格时，法院会依据具体情况按照法定程序妥善处理。原告应当了解并遵守相关法律规定，以确保诉讼活动的合法性和有序性。同时，如果因主体不适格导致纠纷无法解决，当事人应当积极寻求其他合法途径来维护自己的权益。