合同快递丢失的赔偿问题，需要根据具体情况来妥善处理。以下是一些详细的解答和建议：
首先，当您发现合同快递丢失时，应立即与快递公司取得联系，并要求他们提供合理的解释以及快递丢失的证明。如果快递公司无法提供令人信服的证据，您有权要求赔偿。
关于赔偿的金额和方式，主要取决于以下几个因素：
是否保价：
- 如果您在寄送合同时对快递进行了保价，并声明了其价值，那么快递公司应按照保价金额进行赔偿。例如，如果您保价了5000元，那么快递丢失后，您应能获得5000元的赔偿。
- 如果您没有为合同快递保价，那么赔偿金额将依据《中华人民共和国民法典》或《邮政法》的相关规定，以及快递公司的相关条款来确定。通常，这种情况下，赔偿金额可能会按照快递费的倍数（如3至7倍）或者实际损失进行赔偿，但最高赔偿额可能不超过所收取资费的三倍。
快递公司的条款：
- 快递运单背后的《快递服务合同》中通常会约定赔偿标准。在寄送合同前，建议您仔细阅读这些条款，了解快递公司的赔偿政策。
- 如果快递公司的赔偿条款存在减轻其责任、加重寄件人责任等情形，这些条款可能被认定无效或部分无效。在这种情况下，您有权在合理范围内争取更高的赔偿。
特殊物品赔偿：
- 如果您的合同属于特别声明为贵重物品、重要文件等特殊类别，快递公司应有特殊的赔偿政策。这些政策应在快递服务合同中明确列出。
在申请赔偿时，您需要提供以下证据来支持您的赔偿申请：
- 快递运单；
- 合同的购买凭证或价值证明；
- 其他相关证据，如与快递公司的沟通记录、快递公司的丢失证明等。
如果快递公司对您的赔偿申请不予理会或您对其赔偿方案不满意，您可以通过以下途径来维护自己的合法权益：
- 向消费者协会或邮政管理部门投诉；
- 寻求专业律师的法律建议和帮助；
- 必要时，提起诉讼来维护自己的权益。
总之，合同快递丢失后的赔偿问题涉及多个方面，包括保价情况、法律规定、快递公司的条款以及特殊物品赔偿政策等。为了保障自己的权益，建议您在寄送合同前仔细阅读并了解快递公司的赔偿条款和政策；在快递丢失后，及时与快递公司沟通并提供必要证据以争取合理赔偿。如果协商无果，应勇敢运用法律武器来维护自己的合法权益。