针对您提出的问题“有物管会的小区申请做防水工程公司的合同跟谁签”，首先我们需要明确的是，合同签订的主体通常取决于具体的法律关系及合同内容。在小区有物管会的情况下，防水工程合同的签订一般应遵循以下原则：

1. 物管会作为代表：

   • 如果物管会是小区业主依法选举产生的，且其职责包括代表业主处理小区公共事务，包括维修、改造等，那么物管会有权代表小区业主与防水工程公司签订合同。
   • 在这种情况下，合同的一方主体是物管会（代表小区全体业主），另一方是防水工程公司。

2. 业主大会或业主委员会授权：

   • 如果物管会的权力来源于业主大会或业主委员会的授权，并且这种授权明确包括了签订防水工程合同的权限，那么物管会同样可以代表业主与防水工程公司签订合同。
   • 此时，合同的有效性还取决于授权是否明确、合法，以及是否遵循了相关的程序规定。

3. 特殊情况：

   • 在某些特殊情况下，如果防水工程仅涉及小区部分业主的利益，或者业主大会、业主委员会或物管会未明确授权，那么可能需要由相关业主自行与防水工程公司签订合同。
   • 此外，如果防水工程属于紧急维修范畴，且符合相关法律法规关于紧急维修的规定，那么物管会或相关业主可能无需经过全体业主同意即可签订合同。

综上所述，有物管会的小区申请做防水工程时，合同通常应由物管会（代表小区全体业主或经授权）与防水工程公司签订。但具体签订主体还需根据小区的具体情况、物管会的职责权限以及相关法律法规来确定。如果您在实际操作中遇到具体问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。