当地政府能处理外地注册公司在当地的纠纷。具体分析如下：

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，对于法人或其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。这意味着，如果外地注册的公司在当地出现纠纷，且该纠纷涉及民事诉讼，那么当地法院是具有管辖权的，可以处理该纠纷。

在具体操作中，如果外地注册的公司与当地的企业或个人发生纠纷，并且需要通过法律途径解决，那么当事人可以向当地法院提起诉讼。法院将依法受理并审理该案件，根据事实和法律规定作出判决或裁定。

因此，无论是从法律规定还是从实际操作的角度来看，当地政府（具体指当地法院）都是能够处理外地注册公司在当地的纠纷的。如果公司在当地遇到法律纠纷，建议及时咨询当地律师或法律机构，以便更好地维护自身合法权益。