我国轻罪案件程序出罪面临的主要困境在于法律适用、司法实践以及社会认知等多方面。具体分析如下：
一. 法律适用层面的困境
出罪标准不明确：虽然我国刑事诉讼法及相关司法解释对轻罪案件的处理有了一定规定，但对于何为“轻罪”、何种情况下可以出罪，并没有明确、统一的标准。这导致在司法实践中，不同法院、不同法官对轻罪案件的出罪处理存在较大差异。
证据要求严格：刑事诉讼法对证据的收集、审查、判断有严格规定，对于轻罪案件也不例外。然而，由于轻罪案件往往案情简单、证据较少，要达到刑事诉讼法的证据要求，有时存在困难。这导致一些本可以出罪的轻罪案件，因证据不足而被继续追究。
二. 司法实践层面的困境
司法资源有限：当前，我国司法机关面临案多人少的矛盾，司法资源相对紧张。对于轻罪案件，虽然案情简单，但也需要投入一定的司法资源进行审理。在司法资源有限的情况下，司法机关可能更倾向于对轻罪案件进行快速处理，而不太注重出罪的处理。
考核机制影响：司法机关的考核机制往往与案件处理数量、质量等挂钩。对于轻罪案件，如果出罪处理过多，可能会影响司法机关的考核成绩。因此，一些司法机关在处理轻罪案件时，可能会倾向于追求结案率，而不太注重出罪的处理。
三. 社会认知层面的困境
公众对出罪的理解有限：由于公众对法律知识的了解有限，对出罪的概念、意义等可能存在误解。一些公众可能认为，只要犯了罪就应该受到惩罚，而出罪则是对犯罪分子的纵容。这种观念的存在，可能会影响司法机关对轻罪案件出罪的处理。
媒体舆论的影响：媒体舆论对司法活动具有重要影响。对于轻罪案件，如果媒体过度渲染、夸大其词，可能会引起公众的误解和不满。这种误解和不满可能会给司法机关带来压力，影响其对轻罪案件出罪的处理。
我建议，为了改善轻罪案件程序出罪的困境，可以从以下几个方面入手：一是明确出罪标准，统一司法实践；二是优化司法资源配置，提高司法效率；三是完善考核机制，鼓励司法机关对轻罪案件进行出罪处理；四是加强法律宣传和教育，提高公众对出罪的理解和支持。如有进一步需要，您可以继续咨询我。