在民事侵权赔偿案中，当受害者的住院治疗费用已经通过新农合（新型农村合作医疗保险）报销后，侵权方应如何支付合理的住院治疗费用是一个常见的问题。以下是对此问题的详细解答：
首先，我们需要明确的是，新农合报销与侵权赔偿是两个不同的法律关系。新农合是基于医疗保险合同对受害者进行的医疗费用补偿，而侵权赔偿则是基于侵权行为对受害者造成的损害进行的赔偿。因此，两者在性质和目的上是有所区别的。
在处理这个问题时，我们应遵循以下原则：
确定已报销医疗费与侵权行为的关联性：
- 如果新农合报销的医疗费用与侵权行为有直接因果关系，即报销是因为侵权行为导致的医疗费用而产生的，那么这部分已报销的费用在侵权赔偿中应当予以扣除。
- 如果报销并非因侵权行为直接导致，而是基于医保政策或其他非侵权原因，那么这部分费用不应从侵权赔偿中扣除。
计算剩余合理医疗费：
- 在扣除已报销部分后，需要计算受害者实际支付的、与侵权行为直接相关的剩余合理医疗费用。这包括但不限于住院费、手术费、药品费、检查费等。
侵权方承担赔偿责任：
- 侵权方应根据其侵权责任大小，对受害者剩余合理医疗费用承担赔偿责任。如果侵权方对侵权行为负有全部责任，那么其应赔偿受害者全部剩余合理医疗费用；如果侵权方只负有部分责任，那么其应按照责任比例赔偿相应部分的医疗费用。
协商与诉讼：
- 在实际操作中，侵权方和受害者可以通过协商的方式解决赔偿问题。如果协商不成，受害者可以向法院提起诉讼，要求侵权方承担赔偿责任。法院将根据事实情况和法律规定，判决侵权方支付相应的赔偿费用。
综上所述，当受害者的住院治疗费用已经通过新农合报销后，侵权方应根据已报销医疗费与侵权行为的关联性、剩余合理医疗费用的计算以及侵权责任的大小来承担赔偿责任。如果双方无法就赔偿问题达成一致，可以通过诉讼途径解决争议。