关于农用地毁坏程度鉴定程序，以下是我根据相关法律法规和政策文件为您整理的详细解答：

农用地毁坏程度鉴定程序主要依据自然资源部办公厅、司法部办公厅印发的《关于进一步加强协作配合做好耕地破坏程度认定鉴定工作的通知》（自然资办函〔2024〕2253号）进行。该程序可以分为行政认定和司法鉴定两种途径。

一、行政认定

对于某些明显造成土壤耕作层破坏且不具有争议、非关键专门性问题的情形，省级或市（地）级自然资源主管部门可以直接进行行政认定。这些情形包括但不限于：

• 建筑物或构筑物已经形成；
• 地基施工基本完毕；
• 基坑已开挖或基础桩已基本完成施工；
• 建筑物或构筑物基础和底层结构已基本完成；
• 对耕地使用水泥沥青硬化；
• 在耕地上挖砂、采石、采矿、取土等。

在这些情况下，自然资源主管部门可以直接依据现场照片、录像等客观证据，或者组织认定委员会专家论证，认定耕地种植条件严重破坏，并出具相关行政认定意见。

二、司法鉴定

对于耕地破坏程度有争议、涉及关键专门性问题的，可以委托从事耕地破坏程度鉴定相关业务的鉴定机构进行司法鉴定。司法鉴定程序一般包括以下步骤：

1. 提出认定申请：案件属地自然资源主管部门、综合行政执法部门、乡镇人民政府、街道办事处等办案单位需要对耕地破坏程度进行认定或者鉴定的，可以向省级或市（地）级自然资源主管部门提出认定申请。

2. 委托鉴定机构：由自然资源主管部门根据实际情况，委托具有法定资质或者从事耕地破坏程度鉴定相关业务的鉴定机构进行鉴定。

3. 进行鉴定：鉴定机构接受委托后，将按照相关法律法规和技术规范，对耕地破坏程度进行实地勘查、取样分析、综合评估等，并出具司法鉴定意见。

4. 出具鉴定意见：鉴定机构完成鉴定后，将向委托方出具司法鉴定意见书，明确耕地破坏的程度、范围、原因等。

三、注意事项

• 无论是行政认定还是司法鉴定，都需要确保程序的合法性和公正性。
• 鉴定过程中应严格遵守相关法律法规和技术规范，确保鉴定结果的准确性和可靠性。
• 对于鉴定结果有异议的，可以按照相关法律法规规定申请重新鉴定或者提出申诉。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您在农用地毁坏程度鉴定程序方面还有其他问题或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。