在土地毁坏程度鉴定刑事案件中，耕地破坏程度的认定鉴定需遵循自然资源部办公厅、司法部办公厅印发的相关通知，并可通过行政认定或委托专业鉴定机构进行司法鉴定。
一. 耕地破坏程度认定鉴定的主体与程序
认定鉴定主体：
- 自然资源主管部门、司法行政机关应加强协作配合，共同推进耕地破坏程度认定鉴定工作。
- 案件属地自然资源主管部门、综合行政执法部门等办案单位可向省级或市（地）级自然资源主管部门提出认定申请。
认定鉴定程序：
- 可行政认定：对于明显造成土壤耕作层破坏的不具有争议、非关键专门性问题，省级或市（地）级自然资源主管部门可直接依据现场证据或组织专家论证，出具行政认定意见。
- 可委托鉴定：对于耕地破坏程度有争议、涉及关键专门性问题的，可委托从事耕地破坏程度鉴定相关业务的鉴定机构进行鉴定，并提供司法鉴定意见。
二. 耕地破坏程度认定鉴定的法律依据
- 《中华人民共和国刑法》第三百四十二条规定，非法占用耕地并造成耕地大量毁坏的，将受到刑事处罚。
- 《最高人民法院关于审理破坏土地资源刑事案件具体应用法律若干问题的解释》明确了非法占用耕地罪的定罪量刑标准，包括非法占用耕地的数量以及造成耕地毁坏的程度。
三. 实际应用中的注意事项
- 在办理涉嫌非法占用耕地违法犯罪案件时，应严格按照通知要求，进行耕地破坏程度的认定鉴定。
- 对于可以直接出具行政认定意见的情形，应确保现场证据充分、专家论证严谨，以保证认定结果的准确性。
- 对于需要委托专业鉴定机构进行鉴定的情形，应选择具备相关资质和经验的鉴定机构，并确保鉴定过程的公正性和客观性。
我建议，在涉及土地毁坏程度鉴定的刑事案件中，应充分重视耕地破坏程度的认定鉴定工作，严格按照相关法律法规和通知要求进行操作，以确保案件的公正、准确处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。