公司注销后，员工不同意转入第三方，一般不能直接申请劳动仲裁。这是因为公司一旦注销，其主体资格就随之消失，从法律意义上讲，“用人单位”这一主体也就不存在了。劳动仲裁是针对存在劳动关系的双方，而此时公司已注销，劳动关系已终止，因此不能直接申请劳动仲裁。

不过，如果公司在注销的时候没有按照规定进行清算，存在未了结的劳动争议事项，如未结清的劳动报酬、经济补偿等，劳动者可以要求清算义务人（如公司股东）来承担相应的责任。在这种情况下，劳动者需要通过诉讼的途径来解决纠纷，要求清算义务人支付相应的款项。

另外，如果公司在注销的过程当中，还有未结清的劳动报酬或其他相关的争议，并且劳动者在公司办理注销登记之前已经向劳动争议仲裁委员会提交了仲裁申请，那么仲裁委员会通常会予以受理并审查。

综上所述，公司注销后员工不同意转入第三方，是否能申请劳动仲裁需要根据具体情况来判断。如果公司注销行为合法且不存在未了结的劳动争议，那么劳动者就不能申请劳动仲裁；反之，如果存在未了结的劳动争议，劳动者则可以依法通过诉讼途径来维护自己的权益。如果你有相关法律问题，可以直接向我咨询。