关于自治区工伤职工停工留薪期的有关规定，我将根据新疆维吾尔自治区和内蒙古自治区的相关管理办法，为您提供一个清晰、详细且深入的解答。

首先，停工留薪期是指职工因工作遭受事故伤害或患职业病后，需要暂停工作接受医疗治疗，并在此期间内继续享受原工资福利待遇的期限。这一制度的设计，旨在保障工伤职工的合法权益，确保他们在治疗期间能够得到必要的经济支持。

一、停工留薪期的确定与通知

1. 申请与确定：工伤职工应及时将医疗机构出具的诊断证明和停止工作的休假证明报送给所在单位，申请停工留薪。用人单位则根据工伤医疗机构的诊断证明，对照《停工留薪期目录》，确定工伤职工的停工留薪期限，并书面通知工伤职工本人。

2. 多部位伤害：对于多部位、多组织器官受到伤害的，以对应的各停工留薪期中最长的限期作为该工伤职工的停工留薪期。各受损部位停工留薪期的时间不得累加。

二、停工留薪期的期限与延长

1. 一般期限：停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或情况特殊，经劳动能力鉴定机构确认后，可以适当延长，但延长期限也不得超过12个月。

2. 延长申请：工伤职工如需延长停工留薪期，应在期满前向本单位提出书面申请，并提交工伤医疗机构出具的休假证明。用人单位同意后，可以延长停工留薪期。若用人单位有异议，应向地州市劳动能力鉴定委员会申请确认。

3. 特殊规定：如工伤职工遭受原发性损伤引起感染及并发症，根据工伤医疗机构的诊断证明，可以在原发性损伤停工留薪期的基础上增加两个月。

三、停工留薪期的管理与待遇

1. 期满鉴定：工伤职工停工留薪期满，应当进行劳动能力鉴定，停发停工留薪期待遇。需要继续治疗的，工伤医疗费用予以报销，但不享受停工留薪期待遇。

2. 旧伤复发：工伤职工从事工作后旧伤复发，需要重新确定停工留薪期的，按相关管理办法执行。

3. 劳动合同：工伤职工在停工留薪期内或尚未作出劳动能力鉴定结论的，用人单位不得与之解除或终止劳动合同。

四、注意事项

1. 停工留薪期并不是固定的12个月，而是根据工伤职工的实际情况和医疗机构的诊断证明来确定的。

2. 工伤职工在停工留薪期内应积极配合治疗，尽快恢复健康，以便早日回到工作岗位。

3. 用人单位应严格按照相关规定执行停工留薪期制度，确保工伤职工的合法权益得到保障。

综上所述，自治区工伤职工停工留薪期的有关规定旨在保障工伤职工的合法权益，确保他们在治疗期间能够得到必要的经济支持和医疗照顾。同时，也要求用人单位严格按照相关规定执行，确保制度的公平性和有效性。